他创造了我国肝脏外科手术的经典方法，1963年创造了（常温阻断切断法），使肝脏手术成功率提高90%以上，同年成功实施第一例中肝叶手术，在肝脏外科史上树起了一个新的里程碑。时至今日，吴孟超已经做了1.4万多例肝脏手术，其中肝癌切除手术9300多例，成功率达到98.5%，这一系列的成就，使我国肝脏外科长期处于国际领先水平，推动了我国肝癌基础理论研究的创新发展，吴孟超深知光靠手术治疗，不能从根本上解决肝癌问题，早在上世纪80年代就带领学生在基础理论研究领域开辟了新的战场。向肝癌的主动预防，早期发现和综合治疗进军，他带出了260多学生，开展了肝癌基础治疗一系列重大的课题研究，他带领的团队先后在肝癌信号传导，免疫治疗，分子病例研究等方面取得多项突破性成果。医学理论上的重大贡献，关键技术上的不断突破，学科建树上的显著成就，使吴孟超中国肝脏外科之父，享誉中外的医学大家。吴孟超是一位清新为民，德技双馨的一代名医，不仅有高潮的艺术，更有高尚的医德，吴老说好医生眼里看的是病，心里装的是人，每次接诊都带着微笑，冬天查房总是先把自己的手捂热，再触摸病人的身体，还常用额头来试病人的体温，还会给病人盖好被子，摆好病人的鞋子。新年的时候会给病人拜年，送上新春的第一声祝福。
