科学方法大系的研究设计很重要，但开展这项工作难度也很大，难点主要有以下几个：

    第一，“科学方法大系”的读者对象，这是应该首先明确的问题。可以考虑三类读者群的需要：一个是科学家本身，科学家看了这本书以后，可以知道如何研究科学方法；第二个是非科学工作者，通过此书可以了解科学家是怎么搞研究的；第三个是科技管理工作者，通过此书可以了解科学研究工作本身是怎么进行的，规律是怎样的以及从管理的角度怎么来促进科学研究的发展。如何通过一本书来满足三类对象的不同层次和范围的需求，这是一个相当难的课题。建议以一个读者对象群为主，兼顾其他。

    第二，学科维度和方法维度问题。具体一个学科有很多具体的研究方法，而且总是在不断地变化和发展。如地球科学，过去很重要的一种研究方法就是野外观测，随着科学的发展，卫星遥感的研究方法则越来越占据重要地位。通过遥感可以从整体上来了解地球的环境及其变化情况，这也是我们现在地球科学发展的一个技术支撑。因为针对地球的科学研究不可能像在实验室里，通过具体条件的模拟来做实验，地球科学应该以整个大自然作为实验室。而我们又发展了数学模型方法，通过数学方法建立一种实验室模型，并在这个实验室里进行模拟研究。

    第三，学科的交叉问题和方法的融合问题。相对于具体某个学科的研究方法，更重要的是思想层面的、属于哲学范畴的、在学科交叉融合的过程中发展起来的科学研究方法。以地球科学为例，过去地球科学各个分支都是分开研究的。这样一种长期的思维方式，形成了各个学科各自不同的学科研究方法。但是随着学科的发展，越来越认为地球的各组成部分之间是互有联系，不是彼此脱离的。过去只见树木、不见森林的做法，是不可能了解整个地球的。

    整个“科学方法大系”编制过程，实际上是一个研究过程。众所周知，先进的科学方法、科学手段可以大大推动科技创新。这些先进思想和方法，都是科学家在从事科研活动中不断产生和形成的。在这个过程中科学与技术相互作用，相互推动。任何科学的进步，新的科学思想的产生，都必须具备一定的条件。

    在具体编写的过程中，有必要选择一些典型的案例进行分析。认真地分析一些先进的科学思路、科学思想是怎样产生的。与此同时也应该分析一下哪些因素阻碍了科学思想的产生。创新的对立面就是墨守成规，各种各样的不利于创新的制度和环境都会阻碍科学的发展。有时候我们在报纸上看到某一个成果，在国内得不到承认，甚至被一些权威的科学家否定，但是在国际上反而得到认可，反过来我们再去承认它，这是什么原因？就是因为我们有一些陈旧的思想在阻碍着创新。